华东师范大学 脑功能基因组学教育部重点实验室 PI

华东师范大学 生命科学学院 教授

Email:  tlshi@bio.ecnu.edu.cn

 

研究方向

1. 临床信息标准化以及基因型表型的关联研究；

2. 高通量数据（测序数据和蛋白质组学数据）分析及方法学开发；

3. 整合临床信息和多组学数据的疾病基因及机理研究，生物分子标记的发现；

4. 基因调控网络的研究和蛋白质相互作用网络的研究；。

 

个人简历

教育经历: 

    1993.9 – 2000.1  分子生物学博士，美国Louisville大学

 

    1998.1 – 1999.8  计算机硕士，美国Louisville大学

    1989.9 – 1992.7  植物生理学硕士，中科院上海植物生理研究所

     1984.9 – 1989.7  生物学学士，湖南师范大学生物系

     1979.9 – 1982.7  化学专业，湖南文理学院 

工作经历:

     2008.11 –至 今   华东师范大学生命科学学院 特聘教授

     2002.6 - 2008.10  中科院上海生命科学研究院 生物信息学中心 课题组长

     2004.4 - 2007.7   上海大学生物信息学中心 兼职教授

     2004.4 - 2009.7   东北林业大学生命科学学院 兼职教授

 

学术任职/人才获奖

1. 中国遗传学会大数据分会理事；

2. 上海市生物信息学学会理事；

3. 上海市植物生理学会理事；

4. 上海市基因健康专委会委员

5. 上海市计算机生物信息学专委会委员；

6. Science China – Life Sciences杂志常务编委；

7. Pediatric Investigation 杂志副主编。

 

代表性成果

1. Jia JM, An ZX, Ming Y, Guo YL, Li W, Liang YX, Guo DM, Li X, Tai J, Chen G, Jin YQ, Liu ZM, Ni X, and Shi TL*  eRAM: encyclopedia of rare disease annotations for precision medicine. Nucleic Acids Research 2017, Accepted 

2. Jia JM, An ZX, Ming Y, Guo YL, Li W, Liang YX, Guo DM, Li X, Tai J, Chen G, Jin YQ, Liu ZM, Ni X, and Shi TL*  PedAM: a database for Pediatric Disease Annotation and Medicine. Nucleic Acids Research 2017, Accepted 

3. Huang L, Xie D, Yu Y, Liu H, Shi Y, Shi TL*, C Wen CP.  TCMID 2.0: a comprehensive resource for TCM. Nucleic Acids Research 2017, Accepted

4. Feng J, Ding C, Qiu N, Ni X, Zhan D, Liu W, Xia X, Li P, Lu B, Zhao Q, Nie P, Song L, Zhou Q, Lai M, Guo G, Zhu W, Ren J, Shi TL*and Qin J  Firmiana: Towards a One-stop Proteomic Cloud Platform for Data Processing and Analysis. Nature Biotechnology, 35:409-412, 2017 

5. Cao R, Shi Y, Chen S, Ma Y, Chen J, Yang J, Chen G and Shi TL* dbSAP: single amino-acid polymorphism database for protein variation detection. Nucleic Acids Research 45 (D1): D827- D832, 2017

6. 10.1007/s11427-015-0348-5, 2017

7. Lv Q, Lan Y, Shi Y, Wang H, Pan X, Li P and Shi TL* AtPID: a genome-scale resource for genotype–phenotype associations in Arabidopsis. Nucleic Acids Research 45 (D1): D1060-D1063, 2017

8. Hu PZ, Shen ZC, Tu HP, Zhang L, Shi TL* Integrating multiple resources to identify specific transcriptional cooperativity with a Bayesian approach. Bioinformatics, 30 (6): 823-830 , 2014

9. Chen G, Wang C, Shi LM, Tong WD, Qu XF, Chen JW, Yang JM, Shi CP, Chen L, Zhou PY, Lu BX, Shi TL* Comprehensively identifying and characterizing the missing gene sequences in human reference genome with integrated analytic approaches. Human Genetics, 132(8):899-911, 2013 

10. Chen G, Wang C, Shi LM, Qu XF, Chen JW, Yang JM, Shi CP, Chen L, Zhou PY, Ning BT, Tong WD, Shi TL* Incorporating the human gene annotations in different databases significantly improved transcriptomic and genetic analyses. RNA, 19(4): 479-489, 2013   

11. Xue RC, Fang Z, Zhang MX, Yi ZH, Shi TL* TCMID: Traditional Chinese Medicine Integrative Database for Herb Molecular Mechanism Analysis. Nucleic Acids Research 41(D1): D1089-D1095, 2013

12. Li P, Zang W, Li Y, Xu F, Wang J and Shi TL*. AtPID: the overall hierarchical functional protein interaction network interface and analytic platform for Arabidopsis. Nucleic Acids Res. 39(Database Issue): D1130-1133, 2011

13. He B, Qiu X, Li P, Wang L, Lv Q and Shi TL*. HCCNet: an integrated network database of hepatocellular carcinoma. Cell Res 20:732-734, 2010   

14. Yu Q-B, Li G, Wang G, Sun J-C, Wang P-C, Wang C, Mi H-L, Ma W-M, Cui J, Cui Y-L, Chong K, Li Y-X, Li Y-H, Zhao Z-M, Shi TL*, Yang Z-N  Construction of a chloroplast protein interaction network and functional mining of photosynthetic proteins in Arabidopsis thaliana.  Cell Res 18: 1007-1019, 2008 

15. Li J, Liu Z-J, Pan Y-C, Liu Q, Fu X, Cooper N, Li Y-X, Qiu M-S, Shi TL* Regulatory Module Network of bHLH Transcription Factors in Mouse Brain. Genome Biol. Vol.8 (11):R244, 2007